サクラはバラ科、サクラ亜科、サクラ属に分類される。この属にはサクラをはじめウメ、モモ、ウワミズザクラ等の亜属（注）がはいる。サクラ亜属に属する種、亜種、品種はそれらの間の交雑により極めて多くが成立しているが、便宜上、野生種とサトザクラに大別している。
日本の種を構成する野生種は大きく9種に分類され、この野生種間の自然交雑種は、形質がより強く表に現われた親の方に分類されている。サトザクラは野生種あるいは交雑種をもとに改良された園芸品種であり、この意味では全てのサトザクラは雑種である。

（注）亜属：生物の種を分類するために、種から上に属、科、目、綱、門の順に分類階級がもうけられている。この分類階級でたりないときは、亜属、亜科のようなよびかたの階級をもうける。亜属、亜科はその属又は科の下位の階級をあらわす。